Το 1659 ιδρύεται η Εξαρχία Μετσόβου, η οποία εποπτεύεται απευθείας από το Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης.
Οι εξαρχίες ήταν εκκλησιαστικές περιφέρειες που υπάγονταν απευθείας στον Οικουμενικό Πατριάρχη και δεν εντάσσονταν στο σύστημα των Μητροπόλεων. Ο Πατριάρχης εκχωρούσε συνήθως σε λαϊκούς τις εξαρχίες, με δικαίωμα να καρπώνονται τις εκκλησιαστικές εισφορές και με καθήκον να ασκούν την πνευματική διοίκηση των χριστιανών. Ο θεσμός της πατριαρχικής εξαρχίας εμφανίζεται τον 14ο αιώνα, επί Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, εξαπλώνεται επί οθωμανικής κυριαρχίας και καταργείται τον 19ο αιώνα.
Το έτος ίδρυσης της Εξαρχίας Μετσόβου δεν τεκμηριώνεται από πατριαρχικά έγγραφα. Το πρώτο σχετικό κείμενο με αναφορά στην Εξαρχία Μετσόβου χρονολογείται από το 1808. Είναι επομένως πιθανό η Εξαρχία να είχε ιδρυθεί και πριν από το 1659.
